Aplikasi Mega 5

Bidang keilmuan biologi molekuler saat ini telah “menginvasi” semua lini kehidupan. Hampir semua bidang ilmu tidak dapat terlepas darinya, mulai dari Taksonomi, Biologi, Kelautan, Perikanan, Pertanian, Kehutanan, Budidaya, bahkan hingga Forensik dan Savetyfood pun tak bisa lepas darinya. Salah satu tahapan yang penting dalam analisis data Genetik/Molekuler adalah rekonstruksi pohon filogenetik. Pohon filogenetik dapat digunakan untuk menganalisis kedekatan suatu individu atau bisa juga untuk mencari fungsi gen/protein tertentu.

Berikut ini saya akan menguraikan secara ringkas bagaimana cara merekonstruksi (membentuk) pohon filogenetik dari data sequen DNA, mulai dari tahapan koreksi data hasil sequensing, penyususnan pohon filogenetik, hingga tahapan mengevaluasi hasilnya. Rekonstruk pohon filogenetik dapat dilakukan dengan menggunakan software MEGA atau BIOEDIT. Kali ini saya akan menguraikannya dengan menggunakan software MEGA 5.

MEGA 5 dapat digunakan untuk mencari kekerabatan spesies dengan melihat DNA nya dan ditentukan berdasarkan analisis filogeniknya.

Tampilan awal dari MEGA 5 seperti terlihat pada gambar 1

Gambar 1 Tampilan awal aplikasi MEGA 5

langkah selanjutnya adalah memilih menu “aligh” dilanjutkan dengan “edit/ build alingment”

Akan muncul kotak dialog “Select an options” selanjutnya pilih Create a new untuk mulai membuat halaman baru

selanjutnya akan muncul pilihan DNA atau protein sebagai datatype yang akan dianalisis keragaman filogeniknya, karena yang akan dianalisis adalah DNA maka pilih DNA

kemudian masukkan data yang akan dianalisis dengan cara Edit-Insert sequence from file- pilih file  dari komputer

Misalkan aspergillus carbonarius, aspergillus niger, penicillium amagasakiense, penicillium, Talaromyces flavus

Tekan tombol Open- selanjunya akan muncul basa nitrogen dari masing-masing spesies

Kemudian disimpan dalam format MEGA dengan cara Klik Data-Export-MEGA format

Save as dengan mengetikkan nama file

Selanjutnya membuat pohon filogeniknya

Tampilan Filogenik

Sekian dan terimakasih