Aplikasi Mega 5

Bidang keilmuan biologi molekuler saat ini telah “menginvasi” semua lini kehidupan. Hampir semua bidang ilmu tidak dapat terlepas darinya, mulai dari Taksonomi, Biologi, Kelautan, Perikanan, Pertanian, Kehutanan, Budidaya, bahkan hingga Forensik dan Savetyfood pun tak bisa lepas darinya. Salah satu tahapan yang penting dalam analisis data Genetik/Molekuler adalah rekonstruksi pohon filogenetik. Pohon filogenetik dapat digunakan untuk menganalisis kedekatan suatu individu atau bisa juga untuk mencari fungsi gen/protein tertentu.

Berikut ini saya akan menguraikan secara ringkas bagaimana cara merekonstruksi (membentuk) pohon filogenetik dari data sequen DNA, mulai dari tahapan koreksi data hasil sequensing, penyususnan pohon filogenetik, hingga tahapan mengevaluasi hasilnya. Rekonstruk pohon filogenetik dapat dilakukan dengan menggunakan software MEGA atau BIOEDIT. Kali ini saya akan menguraikannya dengan menggunakan software MEGA 5.

MEGA 5 dapat digunakan untuk mencari kekerabatan spesies dengan melihat DNA nya dan ditentukan berdasarkan analisis filogeniknya.

Tampilan awal dari MEGA 5 seperti terlihat pada gambar 1

Gambar 1 Tampilan awal aplikasi MEGA 5

langkah selanjutnya adalah memilih menu “aligh” dilanjutkan dengan “edit/ build alingment”

Akan muncul kotak dialog “Select an options” selanjutnya pilih Create a new untuk mulai membuat halaman baru

selanjutnya akan muncul pilihan DNA atau protein sebagai datatype yang akan dianalisis keragaman filogeniknya, karena yang akan dianalisis adalah DNA maka pilih DNA

kemudian masukkan data yang akan dianalisis dengan cara Edit-Insert sequence from file- pilih file  dari komputer

Misalkan aspergillus carbonarius, aspergillus niger, penicillium amagasakiense, penicillium, Talaromyces flavus

Tekan tombol Open- selanjunya akan muncul basa nitrogen dari masing-masing spesies

Kemudian disimpan dalam format MEGA dengan cara Klik Data-Export-MEGA format

Save as dengan mengetikkan nama file

Selanjutnya membuat pohon filogeniknya

Tampilan Filogenik

Sekian dan terimakasih

 

How to search FASTA in website: ncbi.nlm.nih.gov

Hallo Readers.

kali ini kita akan belajar bagaimana mencari FASTA dalam situs berbasis science seperti ncbi.nlm.nih.gov

FASTA

A sequence in FASTA format begins with a single-line description, followed by lines of sequence data. The description line (defline) is distinguished from the sequence data by a greater-than (“>”) symbol at the beginning. It is recommended that all lines of text be shorter than 80 characters in length. An example sequence in FASTA format is:

		>gi|129295|sp|P01013|OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMIN-RELATED)
		QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE
		KMKILELPFASGDLSMLVLLPDEVSDLERIEKTINFEKLTEWTNPNTMEKRRVKVYLPQMKIEEKYNLTS
		VLMALGMTDLFIPSANLTGISSAESLKISQAVHGAFMELSEDGIEMAGSTGVIEDIKHSPESEQFRADHP
		FLFLIKHNPTNTIVYFGRYWSP

Blank lines are not allowed in the middle of FASTA input.

Sequences are expected to be represented in the standard IUB/IUPAC amino acid and nucleic acid codes, with these exceptions: lower-case letters are accepted and are mapped into upper-case; a single hyphen or dash can be used to represent a gap of indeterminate length; and in amino acid sequences, U and * are acceptable letters (see below). Before submitting a request, any numerical digits in the query sequence should either be removed or replaced by appropriate letter codes (e.g., N for unknown nucleic acid residue or X for unknown amino acid residue). The nucleic acid codes supported are:

		A  adenosine          C  cytidine             G  guanine
		T  thymidine          N  A/G/C/T (any)        U  uridine 
		K  G/T (keto)         S  G/C (strong)         Y  T/C (pyrimidine) 
		M  A/C (amino)        W  A/T (weak)           R  G/A (purine)        
		B  G/T/C              D  G/A/T                H  A/C/T      
		V  G/C/A              -  gap of indeterminate length

For those programs that use amino acid query sequences (BLASTP and TBLASTN), the accepted amino acid codes are:

		A  alanine               P  proline       
		B  aspartate/asparagine  Q  glutamine      
		C  cystine               R  arginine      
		D  aspartate             S  serine      
		E  glutamate             T  threonine      
		F  phenylalanine         U  selenocysteine      
		G  glycine               V  valine        
		H  histidine             W  tryptophan        
		I  isoleucine            Y  tyrosine
		K  lysine                Z  glutamate/glutamine
		L  leucine               X  any
		M  methionine            *  translation stop
		N  asparagine            -  gap of indeterminate length

NOTE:
¹ The degenerate nucleotide codes in red are treated as mismatches in nucleotide alignment. Too many such degenerate codes within an input nucleotide query will cause blast.cgi to reject the input. For protein queries, too many nucleotide-like code (A,C,G,T,N) may also cause similar rejection.
² For protein code, U is replaced by X first before the search since it is not specified in any scoring matrices.
³ blast.cgi will not take “-” in the query. To represent gaps, use a string of N or X instead.

Langkah pertama buka situs ncbi.nlm.nih.gov

Halaman awal yang akan tampil adalah seperti gambar dibawah ini, selanjutnya All Database diubah menjadi nucleotide

Gambar halaman awal

Langkah selanjutnya ketik hormon yang akan dicari dan spesiesnya

Gambar tampilan searching hormon

Kemudian akan terlihat

Tampilan FASTA pada “Human insulin gen” pada gambar terlihat rangkaian basa nitrogen yang spesifik sesuai dengan spesies.

Gambar “Human insulin gen”

Tampilan FASTA pada “Octodon Degus Insulin mRNA) Tampilan FASTA pada “giberelin sunflower”

Tampilan FASTA pada Black Goat

Tampilan FASTA berupa rangkaian basa nitrogen yang berbeda-beda sesuai spesies masing-masing. sekian terimakasih

 

Internet for Scientific Literatur

Jurnal ilmiah harus memuat syarat antara lain;

Sistematis

Sudah dikaji dalam penelitian

Gaya bahasa

Literatur:

1. Primer: jurnal(original paper), grey literatur
2. Sekunder: text book, dokumen, majalah ilmiah
3. Tersiary: encyclopedias, dictionaries, atlates,handbook, indexes

Keyword

Search,  contohnya: biokimia filetype pdf

Power search engine: untuk biokimstry host adalah sciencedaily.com

Define biochemistry

Directory List:

1. Scholar
2. Scopus
3. Sciendirect
4. org
5. google.com
6. Web science: SD, wiley, springer, tand of line

Advance dokumen:

Acta medical indonesia

Biotropia

Bulletin of chemical reaction engineering and catalysis

Buletin of chemical

Open access journal

http://doaj.org

http://intechopen.com

http://intercopen.com

http://www.jurnal.lipi.com

http://expansy.org

www.ncbi.nlm.nih.gov

adapun contoh tampilan hasil pencarian lewat situs scienific

Contoh makara journal of scientific

Contoh Journal Biological Chemistry

Contoh jurnal dari LIPI

Sekian terimakasih